Zwiedzanie miejsc związanych z pobytem i posługą Jana Pawła II w Krakowie narzuca konieczność ograniczeń czasowych (do 2 godzin), a to z kolei sugeruje wybór określonych elementów trasy. Rozpoczynamy od krótkiej wizyty w królewskiej Katedrze na Wawelu, gdzie w romańskiej krypcie św. Leonarda młody ksiądz Karol Wojtyła odprawił swoją Mszę prymicyjną (2.11.1946 r.).
Również w murach kościoła katedralnego odbyła się konsekracja biskupia (1958 r.) Karola Wojtyły oraz jego ingres arcybiskupi(1964 r.). W latach późniejszych Karol Wojtyła, już jako papież odwiedzał katedrę przy okazji wszystkich swoich pielgrzymek do Ojczyzny (ostatni raz w 2002 r.).
Z Wawelu podążamy ulica Kanoniczą, mijając po lewej stronie budynek Muzeum archidiecezjalnego, na którym zamieszczona tablica informuje, iż biskup Karol Wojtyła zamieszkiwał tu w latach 1951-1964.
Z ulicy Kanoniczej przechodzimy ulicą Grodzką do ulicy Franciszkańskiej i Pałacu Biskupiego, siedziby ówczesnego arcybiskupa metropolity Kardynała Wojtyły do momentu powołania go na tron Piotrowy (1978 r.). W tamtych latach, w czasie krótkich przerw w pracy odwiedzał on chętnie na modlitwę sąsiednią bazylikę O.O. Franciszkanów, gdzie na jednej z ławek dla wiernych zamieszczono stosowna tabliczkę.
Krakowski Pałac Biskupów zawsze znajdował się na trasie pielgrzymek Jana Pawła II do tego miasta. W siedzibie tej po trudach oficjalnej wizyty znajdował czas na wieczorne gawędy z mieszkańcami przez słynne „okno papieskie” (ozdobione obecnie jego portretem).
Trasę śladami Jana Pawła II kontynuujemy w kierunku dzielnicy uniwersyteckiej, miejsca studiów młodego, przyszłego papieża na wydziale polonistyki. Mijając budynek tzw. „Gołębnika” (Instytut Literatury Polskiej), przechodzimy w pobliżu Collegium Maius do ulicy św. Anny. Na ścianie kolegiaty akademickiej tablica pamiątkowa przypomina o spotkaniu papieża z pracownikami nauki w dniu 8 czerwca 1997 r. Po przeciwnej stronie ulicy zauważamy budynek Collegium Nowodworskiego, gdzie w przeddzień wybuchu II wojny światowej (lato 1939 r.), młody aktor sceny szkolnej Karol Wojtyła wystąpił w sztuce Niżyńskiego „ Kawaler Księżycowy”.
Trasę turystyczną śladami Papieża kończymy w sanktuarium w Łagiewnikach, którego uroczystej konsekracji dokonał Jan Paweł II w 2002 roku, poświęcając nowo wybudowaną świątynię kultowi Bożego Miłosierdzia.
